Modérateur(s) :
Valérie Dumaine
(Paris),
Simon Marmor
(Paris)
Evaluation d’une technologie innovante de métagénomique ciblée MinION® - Oxford Nanopore Technologies pour améliorer le diagnostic des infections ostéo-articulaires complexes
10h00 / 10h07
Orateur(s) :
Tiphaine Roussel-Gaillard (Lyon)
Communication orale
Recherche/Innovation
ABSTRACT N° SOFCOT23-1006
Evaluation d’une technologie innovante de métagénomique ciblée MinION® - Oxford Nanopore Technologies pour améliorer le diagnostic des infections ostéo-articulaires complexes
1Institut des Agents Infectieux - HCL, 2CRIOAc , Lyon, France
Introduction : Le diagnostic des infections ostéo-articulaires (IOA) à cultures négatives a été amélioré ces dernières années par l’avènement de la PCR universelle 16S suivie d’un séquençage Sanger dont les résultats sont disponibles en 48 à 72h. Cette approche comporte des limites et ne permet en particulier pas d’identifier chacune des espèces au cours des infections polymicrobiennes. Notre objectif a été (i) d'évaluer les performances de l'approche par métagénomique ciblée 16S par technique MinION à partir d’un panel élargi de prélèvements orthopédiques : liquide articulaire, biopsies tissulaires, broyats osseux, (ii) d'explorer la mise en œuvre d’une telle technique en routine.
Matériel et méthodes : La technique MinION repose sur un dispositif portatif de séquençage adapté aux longues séquences telles que celles du gène codant pour l’ARNr 16S. Elle été utilisée suivant un protocole développé de novo par notre laboratoire afin d’obtenir une sensibilité optimisée et une spécificité d’identification des espèces qu’il s’agisse d’infections mono- ou polymicrobiennes. Cette technique de séquençage a été appliquée sur 62 prélèvements peropératoires de patients chez lesquels était suspectée une infection, après amplification d’une séquence de 480 paires de bases. Parmi les prélèvements sélectionnés, 16 (26%) étaient positifs en culture, 46 (74%) étaient négatifs, avec des résultats positifs ou ininterprétables en technique Sanger.
Résultats : Les résultats MinION ont été obtenus en seulement 24 heures. Les 16 échantillons positifs en culture ont été confirmés par technologie MinION. De l’ADN bactérien a été détecté chez 32 des échantillons négatifs en culture (70%), avec des identifications d’espèce cohérentes avec les étiologies classiquement rapportées au cours des IOA. Sur les 14 résultats MinION négatifs, l’absence d’ADN bactérien a été confirmée par des techniques complémentaires pour 7 échantillons ; les 7 autres étaient en faveur de résultats MinION faussement négatifs, probablement liés au manque de sensibilité de l’étape d’amplification de l’ARNr 16S pour 3 infections à Kingella kingae, 2 à Staphylococcus aureus et 2 à Pseudomonas aeruginosa, toutes objectivées après des PCR spécifiques.
Discussion : L’étude réalisée a permis d’éprouver la technologie MinION dans un contexte de routine, d’évaluer le bruit de fond de cette méthode de séquençage, d’évaluer le temps technique et le délai de rendu des résultats. Le software d’intégration des données « clef en main » Epi2Me permet à tout microbiologiste sans compétence bio-informatique spécifique d’interpréter les séquences.
Conclusion : La technologie MinION apparaît comme une méthode parfaitement adaptée aux laboratoires de microbiologie experts dans le diagnostic des infections ostéoarticulaires, et constitue un atout majeur dans le cas d’infections chroniques polymicrobiennes pour lesquelles les cultures microbiologiques ne parviennent pas toujours à déterminer l’ensemble des bactéries présentes.
Conflits d’intérêts : Pas de conflit déclaré
Approche moléculaire syndromique innovante dans la prise en charge des arthrites aiguës : Apport et positionnement du test BioFire® Joint Infection Panel
10h07 / 10h14
Orateur(s) :
Frédéric Laurent (Lyon)
Communication orale
Infections
ABSTRACT N° SOFCOT23-992
Approche moléculaire syndromique innovante dans la prise en charge des arthrites aiguës : Apport et positionnement du test BioFire® Joint Infection Panel
1Institut des Agents Infectieux - HCL, Lyon, 2CHU de Nantes - Bactériologie, Nantes, 3APHP Ambroise Paré, Paris, 4CHU de Nîmes - Bactériologie, Nîmes, 5CHU de Lille - Bactériologie, Lille, 6Laboratoire Cerballiance, Lyon, France
Introduction : Les arthrites aiguës sont des infections graves dont tout retard de prise en charge peut avoir de lourdes conséquences. L’instauration d’une antibiothérapie précoce optimisée n’est plus à démontrer. Les cultures microbiologiques pouvant manquer de sensibilité, les approches moléculaires permettent de contourner certains écueils. Le FilmArray BioFire® est un système de PCR multiplex syndromique en 1 heure, avec peu de manipulation. Le panel BioFire® Joint Infection (BF-JI) détecte 39 cibles dont 31 agents pathogènes et 8 gènes de résistance aux antibiotiques, à partir des liquides synoviaux. Nous avons mené une étude multicentrique afin d'évaluer la faisabilité ainsi que les performances du panel en conditions réelles.
Matériel et méthodes : Le BF-JI a été réalisé sur les liquides synoviaux de patients présentant une suspicion clinique d'IOA aiguë, dans 6 centres Français. Les résultats du test ont été comparés aux résultats de la culture du liquide synovial et à ceux d'autres échantillons ostéoarticulaires peropératoires collectés simultanément.
Résultats : De juillet 2021 à avril 2022, 312 patients ont été inclus dans l'étude. La concordance globale avec les méthodes de microbiologie conventionnelle était de 91% (285/312) : 130 échantillons étaient négatifs avec le BF-JI et la culture, et 130 échantillons étaient positifs avec le(s) même(s) micro-organisme(s) entre les deux techniques. Dans 27 cas (9%), le BF-JI était négatif alors que la culture était positive : 18 microorganismes correspondaient à des cibles absentes du BF-JI ; 9 microorganismes normalement détectés par le BF-JI ont été obtenus en culture mais pas par le test moléculaire (faux négatif 3%). Dans 25 cas, le BF-JI était positif alors que la culture ne l'était pas : 11 patients avaient reçu des antibiotiques avant le prélèvement, et 8 cas concernaient des bactéries fragiles ou exigeantes. Dans 6 cas, le BF-JI et la culture étaient positifs, mais ne donnaient pas les mêmes bactéries (échantillons polymicrobiens), les techniques complémentaires ont confirmé les identifications du BF-JI.
Discussion : Dans les IOA aiguës, le panel BF-JI a montré une très bonne concordance avec la culture pour les microorganismes ciblés par le panel. Par conséquent, cet outil moléculaire peut avoir une place dans le diagnostic microbiologique afin de confirmer l'infection plus rapidement que la culture. De plus, il permet une détection facile de bactéries difficiles à cultiver.
Conclusion : Cette nouvelle approche syndromique dans le diagnostic des arthrites aiguës doit s’intégrer dans une démarche médico-économique optimisée intégrant d’une part les coûts du laboratoire de microbiologie, secondairement contrebalancés par ceux générés par la prise en charge adaptée d’un patient dès son admission. Ces techniques innovantes, par leurs performances, devraient sans aucun doute contribuer à l’optimisation de l’orientation d’un patient et de l’antibiothérapie administrée.
Conflits d’intérêts :
T. Roussel-Gaillard Cours, formations : Mérieux Université, Invitations à des congrès nationaux ou internationaux : bioMérieux,
C. Dupieux: Pas de conflit déclaré ,
E. Tessier: Pas de conflit déclaré ,
C. Courboules: Pas de conflit déclaré ,
A. Dubois: Pas de conflit déclaré ,
P. Bémer: Pas de conflit déclaré ,
A.-L. Roux: Pas de conflit déclaré ,
C. Loiez: Pas de conflit déclaré ,
H. Marchandin: Pas de conflit déclaré ,
J.-P. Lavigne: Pas de conflit déclaré ,
C. Munier: Pas de conflit déclaré ,
E. Chanard: Pas de conflit déclaré ,
V. Gazzano: Pas de conflit déclaré ,
S. Corvec: Pas de conflit déclaré ,
F. Laurent: Pas de conflit déclaré
Existe-t-il un risque cardio-vasculaire à l’usage des Fluoroquinolones pour le traitement des infections ostéoarticulaires: étude de cohorte rétrospective de 817 patients d'un CRIOAC.
10h14 / 10h21
Orateur(s) :
Malo Buisson (Lille)
Communication orale
Infections
ABSTRACT N° SOFCOT23-357
Existe-t-il un risque cardio-vasculaire à l’usage des Fluoroquinolones pour le traitement des infections ostéoarticulaires: étude de cohorte rétrospective de 817 patients d'un CRIOAC.
Malo Buisson*1, Julien Dartus1, Sophie Putman1, Julien Girard1, Gilles Pasquier1, Barthelemy Lafon Desmurs1, Caroline Loiez1, Henri Migaud1, Eric Senneville2
1CRIOAC Lille-Tourcoing, Lille, 2CRIOAC Lille-Tourcoing, Tourcoing, France
Introduction : La prise en charge des infections ostéoarticulaires (IOA), outre l’intervention chirurgicale, nécessite le recours à une antibiothérapie prolongée dont les fluoroquinolones constituent un atout majeur (pour le traitement des infections à cocci Gram + et des bacilles à Gram -). Les travaux de Daneman et al. et de Lee et al. en 2015 ont mis en évidence un risque cardio-vasculaire accru (notamment d’anévrysme aortique et d’insuffisance mitro-aortique) associé à une exposition récente aux FQ menant à des recommandations de prudence de la part des autorités sanitaires françaises et internationales en 2018.
Ce travail rétrospectif avait pour objectif d’étudier la relation entre l’utilisation des FQ et le risque d’anévrysme aortique, d’insuffisance mitro-aortique et de décès chez les patients traités pour une IOA dans un Centre Coordinateur de Référence des Infections Ostéoarticulaires Complexes (CRIOAC).
Matériel et méthodes : Entre 2017 et 2019, 817 patients ont été pris en charge au sein du CRIOAC Nord-Ouest. Cette étude de cohorte rétrospective évaluait à 2 mois l’apparition ou l’aggravation d’évènement cardio-vasculaire (à type d’anévrysme aortique, d’insuffisance mitro-aortique) et le décès par un score de propension en fonction de l’exposition ou non aux FQ.
Résultats : Après pondération par score de propension, il n’existait pas de différence significative sur le risque de décès, d’anévrysme aortique et d’insuffisance mitro-aortique (OR 1,077 [ 0,526;2,204], p=0,839) à